Дейността на Центъра през 2016 г. ще бъде насочена към изпълнение на Тригодишната  програма за дейността на Центъра за образователна интеграция на децата и учениците от етническите малцинства за периода 2016 –2018 г., приета с Решение № 368  на Министерския съвет от 14.05.2016 г., разработена в съответствие с чл. 8 на Постановление № 4 на Министерския съвет от 2005 г. за създаване на Център за образователна интеграция на децата и учениците от етническите малцинства (обн., ДВ, бр. 7 от 2005 г.; изм. и доп., бр. 40 от 2006 г., бр. 79 от 2009 г. и бр. 16 от 26.02.2010 г.) и чл. 4 от Правилника за устройството, дейността и организацията на работа на Центъра за образователна интеграция на децата и учениците от етническите малцинства, приет с Постановление № 108 на Министерския съвет от 2006 г. (обн., ДВ, бр. 40 от 2006 г.).

През 2016 г. дейността на ЦОИДУЕМ ще бъде подчинена и на изпълнение на стратегическите цели и приоритетите, определени в „Стратегия за образователна интеграция на деца и ученици от етническите малцинства (2015-2020)“ и Планa за действие за изпълнение на Националната стратегия на Република България за интегриране на ромите 2012 – 2020 г.“